اکثر مسائل ایمنی مواد غذایی ناشی از میکروارگانیسم های بیماری زا مانند باکتری هایی است که باعث مسمومیت غذایی یا مسمومیت غذایی می شوند. آنها می توانند عواقب خفیف تا کشنده ای برای سلامتی ایجاد کنند که شامل اسهال آبکی، استفراغ، درد شکم یا حتی عفونت های ناتوان کننده و بیماری های طولانی مدت می شود. عواقب مسائل مربوط به ایمنی مواد غذایی ممکن است پیامدهای مرگباری برای صاحبان مشاغل و مصرف کنندگان مواد غذایی داشته باشد. غذاهای اصلی و روزمره به راحتی می توانند آلوده شوند. برخی از نمونه‌های غذاهایی که در بیماری‌های رایج دخیل هستند عبارتند از مواد پرخطر و هر نوع غذای فاسد شدنی مانند تخم‌مرغ، مرغ، میوه‌های تازه، گوشت خام یا گوشت‌های اغذیه‌فروشی، سالاد غذاهای دریایی، غذاهای دریایی نیم پز، گوشت چرخ کرده، جوانه‌های خام و محصولات شیر خام. اگر اقدامات پیشگیرانه انجام نشود، این مواد می توانند توسط پاتوژن های روده مانند باکتری ها آلوده شده و باعث عفونت شوند.